バイオインフォマティクスソフトウェア・データベース
MitoFish & MitoAnnotator
MitoFish & MitoAnnotator- 魚類の進化・生態研究の基盤となるミトコンドリアゲノムデータベースと、ゲノムアノテーションシステムです。
MiFish Pipeline
MiFish Pipeline- 水を汲むだけで魚類の分布を解明する環境DNA（eDNA）解析用のパイプラインです。
SonicParanoid
SonicParanoid- 多数のゲノムデータから高速、正確、簡単にオルソログ遺伝子を発見するソフトウェアです。
Evodictor
Evodictor- 遺伝子の獲得・欠失によるゲノム進化・生命システム進化を予測するソフトウェアです。
Graph Splitting
Graph Splitting- 精度の高い多重配列アラインメントを得ることが難しいほど配列間の距離が離れた場合でも、大規模な分子系統樹を再構築できる手法です。
ProkAtlas
ProkAtlas- 16S rRNA遺伝子配列と微生物の生息環境を網羅的に結びつけるデータベースであり、微生物群集組成データを生息環境組成として解釈するhabitat-based analysisを行うことができます。
Logicome Profiler
Logicome Profiler- 比較オミクスなどのバイナリー行列データから、統計的に有意な３項間関係（例えば「遺伝子Aがあり遺伝子Bがない時に限って遺伝子Cがある」など）を網羅的に取り出す手法です。
Mirage (MIxtuRe model for Ancestral Genome Estimation）
Mirage- 異なる遺伝子ファミリーが異なる遺伝子獲得・欠失率を持つことを考慮したゲノム進化過程の再構築手法です。
Inverse Potts Model for phylogenetic profiling
Inverse Potts Model- 系統的制約（系統シグナル）と擬似相関という2つの推定バイアスを解消した系統プロファイリング法です。
Flipping t-ratio Test
Flipping t-ratio Test- 表現型進化上のルールを解明するパレート理論を生命進化研究に応用する上で存在した欠陥を修正した統計的検定手法です。
AlphaCutter
AlphaCutter- タンパク質構造予測データから折りたたまれていない領域を高速・効率的に除去するためのツールです。
MetaMetaDB
MetaMetaDB- 様々な環境のメタゲノム（"メタ・メタゲノム"）をまとめ、微生物がどのような環境に生息できるかの指標（"Microbial Habitability"）を簡便に得られるようにしたデータベースです。
Fern Tree of Life
Fern Tree of Life- 最新かつ完成度・網羅性の高いシダ植物の大規模系統樹です。
canaper
canaper- 進化的関係を考慮して生物多様性の定量化を行うCANAPEを高速かつ簡単に実行するRパッケージです。
GroupTracker
GroupTracker- 複数の動物個体を撮影した動画データから、個体群の行動軌跡を抽出するトラッキングソフトウェアです。
MOCCS (Motif Centrality Analysis of ChIP-Seq)
MOCCS for ChIP-Seq Analysis- ChIP-Seqのデータから転写因子が認識する配列を正確に抽出できる解析手法です。
Image Manipulation Detector
Image Manipulation Detector- 生命科学論文における画像不正を自動で検出するソフトウェアです。
TogoDoc Client
TogoDoc Client- 生命科学者のための文献管理＆PubMed論文推薦サービスです．WindowsおよびMacOSXで動作します．
TogoDoc Mobile
TogoDocMobile@AppStore- TogoDocのiPhoneApp版です。
車輪樹法
車輪樹法／Wheel Tree- 進化系統情報を直感的かつ情報豊かに、さらに最も偏りなく表現するための手法です．
Arabimarklet
植物DB活用／Arabimarklet 3.1- 植物研究者のためのシロイヌナズナデータベース使いこなしツールです。
NaviCluster
ネットワーク可視化／NaviCluster- 巨大で複雑なネットワークをGoogle Mapsのようにナビゲーションするソフトウェアです。
NaviClusterCS
NaviClusterCS for CytoScape- NaviClusterのネットワーク解析プラットフォームCytoScape用プラグインです。
Quest for Otrhologs
Quest for Orthologs Website- Quest for Orthologsコンソーシアムは、遺伝子間の進化学的関係の情報解析技術、特にオルソログ解析技術の開発に取り組む世界各国のバイオインフォマティクス研究者からなるコミュニティです。
