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バイオインフォマティクスソフトウェア・データベース

MitoFish & MitoAnnotator

  • Banner MitoFish & MitoAnnotator
  • 魚類ミトコンドリアゲノムデータベースと、ゲノムアノテーションシステムです。

MiFish Pipeline

  • Banner MiFish Pipeline
  • 魚類環境DNA解析用のパイプラインMiFish Pipelineです。

SonicParanoid

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  • SonicParanoidは、複数のゲノムデータから高速、正確、簡単にオルソログ遺伝子を発見するソフトウェアです。

Graph Splitting

  • Banner Graph Splitting
  • Graph Splittingは、精度の高い多重配列アラインメントを得ることが難しいほど配列間の距離が離れた場合でも、大規模な分子系統樹を予測できる手法です。

ProkAtlas

  • Banner ProkAtlas
  • ProkAtlasは、16S rRNA遺伝子配列と微生物の生息環境を網羅的に結びつけるデータベースであり、微生物群集組成データを生息環境組成として解釈するhabitat-based analysisを行うことができます。

Fern Tree of Life

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  • 最新かつ完成度・網羅性の高いシダ植物の系統樹です。

Logicome Profiler

  • Banner Logicome Profiler
  • Logicome Profilerは、比較オミクスなどのバイナリー行列データから、統計的に有意な3項間関係(例えば「遺伝子Aがあり遺伝子Bがない時に限って遺伝子Cがある」など)を網羅的に取り出す手法です。

Mirage

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  • Mirage (MIxtuRe model for Ancestral Genome Estimation)は、異なる遺伝子ファミリーが異なる遺伝子獲得・欠失率を持つことを可能にするゲノム進化解析手法です。

Inverse Potts Model for phylogenetic profiling

  • Banner Inverse Potts Model
  • 逆ポッツ法を用いた系統プロファイリングは、系統的制約(系統シグナル)と擬似相関という2つの推定バイアスを解消した系統プロファイリング法です。

Flipping t-ratio Test

  • Banner Flipping t-ratio Test
  • Flipping t-ratio testは、パレート理論を生命進化研究に応用する上で存在した欠陥を修正した統計的検定手法です。

MetaMetaDB

  • Banner MetaMetaDB
  • MetaMetaDBは、様々な環境のメタゲノム("メタ・メタゲノム")をまとめ、微生物がどのような環境に生息できるかの指標("Microbial Habitability")を簡便に得られるようにしたデータベースです。

GroupTracker

  • Banner GroupTracker
  • GroupTrackerは、複数の動物個体を撮影した動画データから、個体群の行動軌跡を抽出するトラッキングソフトウェアです。

MOCCS (Motif Centrality Analysis of ChIP-Seq)

  • Banner MOCCS for ChIP-Seq Analysis
  • ChIP-Seqのデータから転写因子が認識する配列を正確に抽出できる解析手法です.

Image Manipulation Detector

TogoDoc Client

  • Banner TogoDoc Client
  • TogoDocは生命科学者のための文献管理&PubMed論文推薦サービスです.WindowsおよびMacOSXで動作します.

TogoDoc Mobile

車輪樹法

  • Banner 車輪樹法/Wheel Tree
  • 車輪樹法は進化系統情報を直感的かつ情報豊かに,さらに最も偏りなく表現するための手法です.

Arabimarklet

NaviCluster

NaviClusterCS

Quest for Otrhologs

  • Banner Quest for Orthologs Website
  • Quest for Orthologsコンソーシアムは、遺伝子間の進化学的関係の情報解析技術、特にオルソログ解析技術の開発に取り組む世界各国のバイオインフォマティクス研究者からなるコミュニティです。